Bei der bakteriologischen Untersuchung werden auf koloniebildende Einheiten, Coliformen Keimen, und Escherichia coli untersucht. Letztere ist Bestandteil der menschlichen und tierischen Darmflora und ein weltverbreiteter Darmkeim. Durch beispielsweise undichte Rohre, unzureichende gewartete Boiler, Leitungsstränge mit Stagnationswasser oder Wassersprudler kann dieses Bakterium ins Trinkwasser gelangen und kann sich an den Innenseiten der Rohre in Biofilmen ansiedeln.

Laut der Trinkwasserverordnung dürfen Escherichia coli (E. coli), Enterokokken, Pseudomonas aeruginosa und Clostridien perfringens im Trinkwasser nicht nachgewiesen werden.

E. coli können vor allem bei immungeschwächten Personen oder Kindern schwerere Infektionen hervorrufen wie Durchfallerkrankungen, Bauchfellentzündungen, Blinddarminfektionen, Harnwegsinfektionen etc.
Der Krankheitserreger Pseudomonas aeruginosa wird in der Trinkwasserhygiene als gefährlicher Krankenhauskeim angesehen und ist bereits bei Nachweis einer geringen Kontamination im Trinkwasser gesundheitlich bedenklich. Die Infektion erfolgt über Wunden. Besonders durch Neubauten oder bauliche Veränderungen kann das Bakterium in das Leitungsnetz der Trinkwasserversorgung eingeschleust werden.
Das kugelförmige Bakterium Enterokokkus gelangt über fäkale Verunreinigungen von außen ins Wasser, was auf örtlich hygienische Probleme, eine schlecht gewartete oder unsachgemäß verbaute Hausinstallation hinweist.
Ein weiteres bedenkliches Bakterium ist das Clostridium perfringens. Dieser Keim ist potenzieller Auslöser von Lebensmittelvergiftungen. Er zählt als wichtigster Erreger des Gasbrandes und kann lebensbedrohlich sein.